Heinz Gerhäuser war von 1993 bis 1998 Mitglied der Institutsleitung und 1998 bis 2011 alleiniger Leiter des Fraunhofer-Instituts für Integrierte Schaltungen IIS in Erlangen. 1999 bis zu seiner Emeritierung 2011 war er zudem Inhaber des Lehrstuhls für Informationstechnik mit dem Schwerpunkt Kommunikationselektronik an der Friedrich-Alexander-Universität Erlangen-Nürnberg. Derzeit ist er Präsident der Bayerischen Forschungsstiftung. Er gilt als einer der Väter des MP3-Standards zur Audio-Datenkompression.